Zur Zentralverwaltung gehören die von den sieben Regierungsmitgliedern geleiteten Direktionen sowie die Staatskanzlei. Zur dezentralen Verwaltung gehören die Betreibungs- und Konkursämter, Grundbuchämter, Kindes- und Erwachsenenschutzbehörde, Regierungsstatthalterämter und Verwaltungskreise. Die Verwaltung ist zuständig für die Umsetzung und Aufsicht der staatlichen Aufgaben und steht somit sowohl bezüglich Abschlussprüfungen wie auch Finanzaufsichtsprüfungen im Zentrum der Tätigkeiten der Finanzkontrolle. Die Prüfungsergebnisse werden mit den geprüften Stellen und den zuständigen Direktionen im Anschluss an die Prüfung und vor dem Versand des definitiven Prüfungsberichtes besprochen. Halbjährlich findet mit jeder Direktion ein Austausch über die durchgeführten und anstehenden Prüfungen statt. Im Zusammenhang mit der Prüfungsplanung für das kommende Jahr, können die Direktionen ihre Wünsche und Anliegen einbringen.
