Die Geschäftsprüfungskommission hat die Oberaufsicht über den Regierungsrat, die Kantonsverwaltung und die anderen Träger öffentlicher Aufgaben. Sie prüft ausserdem Berichte und den Vollzug von Beschlüssen, wenn diese für die Oberaufsicht von Bedeutung sind. Die Geschäftsprüfungskommission legt die Schwerpunkte ihrer Prüftätigkeit grundsätzlich selber fest und kann eigene Untersuchungen und Analysen durchführen.
Die Geschäftsprüfungskommission ist zusammen mit der Finanzkommission ein bedeutender Partner der Finanzkontrolle. Die Präsidentin / der Präsident der Geschäftsprüfungskommission ist Mitglied im Finanz-kontrollgremium. Das Finanzkontrollgremium dient dem Zusammenwirken zwischen der Finanzkontrolle, dem Regierungsrat und dem Grossen Rat.
Die Finanzkontrolle erstattet gemäss KFKG der Geschäftsprüfungskommission Bericht über die Ergebnisse der Prüfung der Jahresrechnung, Ergebnisse von Sonderprüfungen im Auftrag der Geschäftsprüfungskommission und über Prüfungsfeststellungen von hoher Wesentlichkeit im Rahmen der Quartalsberichterstattung. Die Finanzkontrolle trifft sich periodisch mit dem Präsidium der Geschäftsprüfungskommission zwecks Abstimmung des Prüfungsprogrammes sowie zur Besprechung von Ergebnissen aus durchgeführten Sonderprüfungen oder bestimmten Fachthemen. Neben den periodischen Treffen finden mit der Geschäftsprüfungskommission bzw. den ständigen Ausschüssen bei Bedarf und Aktualität Sitzungen zu konkreten Fachthemen statt.
